「轩辕剑参外传．天之痕」故事，发生在「轩辕剑参」之前一百五十年前的中国，时代是中国的隋朝。陈国遗民悲痛祖国亡灭，在公元六○一年，集结了数万兵马，兴兵反抗，意图复兴故国。隋文帝立即下令平乱，然而让陈国反抗军讶异的是：朝廷的平乱部队竟然只有二十人不到之兵马，而为首之人，竟是一位年仅十岁之少年！这位身披斗篷的神秘少年，以一把神秘的「黄金之剑」，在仅仅一击之间便将数万陈国反抗军马一瞬消灭殆尽、灰飞烟灭。神秘少年与天下无敌之黄金剑「轩辕剑」威名，自此令所有人闻之色变，再也没人敢起兵反叛朝廷。
十六年后，隋炀帝时代，男主角「陈靖仇」奉师父之命，踏上寻找传说中五样中原上古神器之旅。陈靖仇是陈国后裔，在襁褓时代隋朝四处搜捕陈国遗族时，他的师父陈辅牺牲了自己的孙儿，冒险将陈靖仇替代救出。陈辅将自己复国的愿望，全落在幼小的陈靖仇身上（陈靖仇之名，即是「靖北虏，复国仇」的意思）。由于十六年前历经那场惊心动魄之噩梦，师父深知自己绝对无法敌过那位手持轩辕剑的神秘少年，所以决心改换方式，开始四处寻找传说中能让人获得天下之五样上古神器:伏羲琴、神农鼎、崆峒印、崑崙镜、女娲石，打算收齐它们，以它们的力量来复兴故国。一场艰辛的复国之旅，逐页展开。
本篇为天之痕纯剧情攻略，当故事看就可以。流程攻略和物资标记在另外一篇帖子，此篇仅是作为游戏攻略的补充，了解游戏的故事情节。
游戏剧情大纲其实就是一个世界入侵另一个世界的故事，入侵的世界叫做“西方魔界”，被入侵的自然就是主角的世界。其实，主角的世界是有保护结界的，正常情况下，别的世界无法入侵过来。但此时恰逢“赤贯星” 出现，划过结界，使结界出现裂痕，再通过外力，将裂痕扩大，那么整个“西方魔界”便可借这道裂痕入侵过来，而这道裂痕也就被称为“天之痕”。
而我们的主角是否如救世主一般，力挽狂澜，救万千生命于水火中呢？并没有，在很长一段时间里，主角不但不是一个救世主，而且还成为了入侵者的帮凶，千方百计地阻挠想要真正救世的人。仅在最后关头，主角才明白整个事情的真相，然后通过“十神器”的能力，最终弥补自己的过错，阻止了浩劫的发生。具体情形如何，且看下面详细介绍。
故事的背景是主角陈靖仇的父亲曾经是陈国皇室，后来被隋朝（隋文帝）所灭。陈靖仇的父亲和师傅陈辅曾组织起一支上万人的队伍以复国，结果被隋军中一名拥有阴阳妖瞳，手拿黄金大剑的小将一人所灭，并全面追杀陈家之人，陈靖仇在师傅陈辅使用自己孙儿调包的方法下活了下来。陈辅后来才知道，那名一人灭杀陈军上万人的小将使用的乃是鬼谷道术，于是自己也苦修钻研，并悉数教于陈靖仇，期望他长大后能够复国。16年后，陈靖仇长大成人，师傅陈辅让他去收集天下10神器中的昆仑镜、伏羲琴、神农鼎、崆峒印、女娲石，用来复国之用，游戏故事便也从此展开。
游戏开始，陈靖仇和师傅到伏魔洞去收集第一件神器“昆仑镜”。师傅为了考验陈靖仇的所学成果，先行走到前面去，让陈靖仇独自一人面对危机四伏的道路。
陈靖仇轻松通过考验，与师傅会合后，正准备入洞拿取神器“昆仑镜”，突然有一颗拖着长长尾焰的流星从天空划过，陈辅认为这是隋亡陈兴的吉兆。之后两人入洞，里面果真有一面宝镜。在确认安全后，师傅让靖仇收取神镜。可是正当要拿起之际，镜子突然跑出一只魔兽---饕餮。此乃上古魔兽，师徒二人非它对手，为救靖仇，陈辅一把将他推了出去，自己则使用元神之力制造出冰丝和魔兽一起封印在了洞中。
陈靖仇醒转过来之后，回头发现师傅自我封印在洞中，顿感万分难过。师傅则告诉他，自己一年时间内元神便会耗尽，到时不但自己要身亡，饕餮也将出去为祸天下。若要救自己以及降服饕餮，可去“雷夏泽”找自己的师兄公山先生来帮忙。并吩咐靖仇若施救失败，则由他仇自己去收集神器复国。
陈靖仇于是遵照师傅吩咐，踏上前往寻找师伯的道路。来到山脚下，想起师傅曾给过自己一只“符鬼”，于是把它放出来相伴于身边（相当于宠物一样的东西，可以帮助自己战斗，金、木、水、火、土5属性任选其一）。
大地图功能打开，进入月河村。由村内水井上方的陈老伯口中打听到，“雷夏泽”正处于月河村的北方，出村往前不多时便可到达。于是来到村内北方的唯一出口独木桥处，却被一人拦住去路，被告知此时正是月河村一年一度祭祀河神的时候，桥上禁止通行，想出村需要几日之后祭祀结束再来。靖仇别无他法，只好在村里旅店先住下。进入旅店，交钱订房后，老板吩咐一天生白发的小姑娘领他到房间。（小姑娘便是女主之一“小雪”）
一日过后，从旅店房间下楼来，发现四处都无人，于是出门闲逛。来到药店大夫家里，里面一群人正在那争论不休，细听之下才得之：原来是大夫的女儿被抽中当祭品要拿去祭祀河神。陈靖仇内心想要搭救大夫女儿，出门向人打听办法。回到旅店门口，有个小孩在哭。进旅店询问老板才知道，原来他姐姐（就是小雪）要去代替大夫的女儿当祭品。陈靖仇当即表示，他要去阻止这种事情的发生，可老板却说，就算他救了小雪，村民也会拿其他的女孩去当祭品，小孩一听老板不让救他姐姐，哭着跑了出去。
靖仇也随后出门，并在旅店右下方找到小孩。小孩再次恳求靖仇前去搭救姐姐，靖仇本就有此想法，爽快答应下来。小孩便高兴地告诉靖仇搭救姐姐需要去月河河洞，从小孩身后的树林过去就可以到达。
通过月河洞迷宫，来到洞内深处，正好碰到村民正在举行祭祀，要将小雪扔到洞里面当祭品，靖仇出言阻止，奈何村民不听，还是将小雪扔下了洞。靖仇也随即跳入洞中救人，落地后将小雪唤醒。一番言谈过后河神（鲛精）也接着出现，伸出长舌一把将小雪卷入嘴中，结果因为小雪身体太烫，又将之吐了出来。靖仇上前与其大战，河神不敌后逃走。待小雪休息片刻，两人一起寻找出洞的道路，并通过一番交谈，得知小雪已无其他亲人，自己天生白发又被其他人视为不详之人，幸得旅店老板收留，现在是与弟弟相依为命。靖仇好言宽慰后，两人一路往左走。待到洞口时，小雪利用天生便有的治疗能力治愈了靖仇手上伤势。靖仇发现小雪具有学习术法的天赋，便教了她一些简单的鬼谷道术。（小雪加入战斗行列）
出洞之后回到大地图，再次进入月河村，结果正好碰到河神在村里大开杀戒，小雪弟弟与旅店老板都已遭毒手。靖仇两人上去阻止，再次展开战斗。战胜之后，其余村民赶来，责怪小雪两人，要不是他们破坏祭祀活动，村里就不会死那么多人，于是将小雪和靖仇赶出了村。小雪此时已是没有了任何亲人，又无家可归。迷茫之际，靖仇邀请她随自己寻找师伯公山先生，小雪答应后，两人自此一路同行。
过桥后往北走进入“雷夏泽”，并顺利见到师伯公山先生。可此时的公山先生因曾经参加反对朝廷的起义，被官府之人宇文太师所伤，伤势至今未愈，无力去救援自己的师傅。正发愁之时，师伯母过来告诉自己神农鼎炼出的药物可以医治师伯的伤势，并交给自己一张药方，同时告知神农鼎有可能在宇文太师手中。但为了获得更确切消息，可先去寻找曾经保管神农鼎的拓跋部落。
出了“雷夏泽”，继续往北走来到黑山镇。小雪好奇为何镇内多是妇女，男丁少见，靖仇猜测男丁可能都是被征去当兵了。旅途劳累，靖仇提议先进店吃点东西。两人入店后刚点菜还没开吃，外面便传来一片争吵声，决定出去看一眼。来到屋外发现，原来是一群官兵正在强抢男童，说是要用他们的血给什么郡主养颜美容，而妇女们为保护自己的孩子与他们发生了争执。正当官兵要对一名妇女下杀手之际，突然出现一名少女出来打抱不平(2号女主登场)，三两下放倒了几名官兵，剩最后一名军官突然变幻成一名骷髅妖怪，出手就让少女受了伤。靖仇两人赶紧出手相助，合力将妖怪打倒。
靖仇上前想要将受伤倒地的少女扶起来，可她却完全不领情，言行之间显示出对隋人的厌恶。正当两人无可奈何时，过来三名大汉，其中一人乃是少女的姐夫。他们在旁边目睹了整个事情的经过，为感谢靖仇对少女的救命之恩，便在客栈设下宴席款待靖仇两人一番。
进入客栈，双方一番自我介绍之后，原来大汉名叫张烈，他的老婆正好是拓跋部落之人，张烈自身此时也是拓跋部落的领导人。交谈之间，得之靖仇对付骷髅妖怪时所使用的乃是鬼谷道术，张烈很是向往。此时手下人来汇报消息，靖仇询问过后，才知原来是有一支隋军部队跟踪拓跋部落而来，此时正驻扎在东边树林。张烈担心隋军对部落不利，决定去探查一番。靖仇要求一起前往，于是三人一同前去查探。（张烈加入队伍）
三人出了黑山镇，往东进入树林。刚入树林，便遇到隋军官兵，把他们打倒,随后一路往树林深处进发。在树林底部，发现隋军军营，还有一群被抓来的小孩。此时黑山镇官兵被人打败的消息刚好传到此处，负责此地的长官便带领大家前往调查。靖仇三人趁机将小孩们都放了，结果一回头，那名长官去而复返，战斗再次打响。
战胜后几人回到黑山镇，张烈邀请靖仇二人前往拓跋部落目前所在地大雁岭，靖仇欣然应允。黑山镇往北直走，过了台阶后便是大雁岭。进入大雁岭，先去看望玉儿（自己救的那名少女，姓拓跋名玉儿）。出门后询问张烈关于神农鼎之事，张烈回答说部落之人已无人知晓神农鼎下落，靖仇则告知他师伯母曾说神农鼎目前有可能在宇文太师手上。张烈闻言，便让靖仇别忙着自己去查找，待他派部下之人先去打探。
6日过后消息传回，得知神农鼎确实是被宇文太师获得，并私自藏在涿郡的一座碉堡中。同时此事也被皇帝得知，大怒之下命宇文太师将神农鼎上交，且运鼎路线探子也已获得。正相谈之际，月儿匆忙入账，说是玉儿独自一人离开部落了。原来是神农鼎之事被拓跋玉儿偷听到，她想去夺回，又深知张烈不会同意，便留下书信，独自一人去夺鼎。
拓跋玉儿的行动让张烈夫妇大急，张烈决定亲自去寻找拓玉儿。陈靖仇觉得这事是因他而起，而且他也正要寻找神农鼎，要求同行。于是三人又结伴前去寻找拓玉儿。
出了黑山镇一路东走进入卢家渡，在渡口想要过河，结果船只已全被韩公公包下为皇帝运送美女，别人都无法通行。此时小雪灵机一动，猜测玉儿有可能已经混入船中，几人决定上船打探一番。为上船，靖仇想到一主意：由陈烈假扮官兵，他和小雪则假扮被捉美女。几人各自去准备化妆物品，之后在客栈化好妆，成功混入到船上。
经过在关押美女的第二舱房查找，但却并未发现玉儿在里面。意外获得另一个消息：官兵除了搜刮美女之外，还在收集青铜，并存放在底舱之中。三人为一探究竟，于是进入底舱查看。进入舱中后，发现果真有不少青铜杂器，也不知作何用。疑惑间，被进入此地的韩公公揭穿身份，于是一番大战。之后几人考虑上岸后恐引来更多官兵围剿，决定夺船离开。在开船前，靖仇要先把舱中的美女放了，因此耽误不少时间。等美女们离开，韩公公又带了一帮官兵过来，把他们打败，并向韩公公逼问出神鼎下落，之后被张烈一刀干掉离开。
一路开船来到大梁，进城后在铁匠铺旁边的徐老头那打听到神鼎被运上了龙舟，几人于是决定上龙舟查看一番。一路巧妙避过守卫，来到舱中密室，里面果然有一口大鼎。小雪轻轻一碰，结果大鼎掉了只耳朵，几人疑惑间，正巧此时进来一太监，几人抓住他进行逼问。原来真鼎早被响马劫走，为免皇帝怪罪，他们收集青铜铸造了一口假鼎交差。逼问出消息后，靖仇心软，将太监放走，结果他一出房门便大喊官兵前来抓捕他们，幸好几人在房中发现一密道，于是进入密道逃走。
在密道迷宫底部，有一根粗大的木柱，爬上去便是龙舟木梁，上木梁后往下可瞧见龙舟内部一切，于是几人决定在木梁上继续监视龙舟内动静。刚没多久，便看到一酷似玉儿的宫女端着盘子在下面走过，三人顺着她离开的方向往右走，来到龙舟正殿处。此时下面隋皇帝正与群臣饮酒作乐，热闹非凡。靖仇几人于梁上密切注视下方的动静，努力寻找着玉儿的身影。正当皇帝兴致高昂，饮酒作诗时，有一宫女端着托盘上来要给皇帝上菜。
靖仇三人定睛一看，正是玉儿。只见玉儿行到皇帝桌前，突然卸掉伪装，拔剑行刺，周边卫兵上来阻挡，玉儿轻松便将他们砍翻在地。就在她无人可挡之时，突然出现一年轻官员，抬手便将玉儿击倒。询问下，原来此人正是宇文太师。卫兵正要上前捉拿玉儿，梁上靖仇使用鬼谷道术释放出一片烟雾，然后将玉儿带离包围圈。另一边张烈也在龙舟别处纵火，分散皇宫注意力。靖仇一路带着玉儿逃到龙舟船头，想要跳水逃走，但玉儿不熟水性，死活不跳。争执间，追兵已到近处，靖仇被射了一箭。玉儿眼看危急，无奈只好跳水。
另一边，皇帝向宇文太师发出命令全力追捕刺客（靖仇几人），宇文太师领命离开。此时有一名号称郡主的女人进入，向皇帝撒娇，全力要求跟随宇文太师一起前去捉拿刺客。皇帝无奈，只好命宇文太师返回，带着郡主一起去捉拿靖仇等人。
靖仇醒来后，发现众人已在河边的一处木屋中。原来大家都已安然逃走，只是玉儿不熟水性，从河中上岸后，目前还处于昏迷状态。不多时，玉儿醒转过来，张烈上前责备了一番。然后告知靖仇，自己离开部落多时，需立马带着玉儿回去，寻找神鼎之事只能靠靖仇自己了。旁边玉儿一听，坚决不与张烈回去，她决定要亲自找回神农鼎。万般无奈之下，只好让玉儿与靖仇作伴，共同寻找神农鼎。之后张烈离开，玉儿加入队伍。
出河畔小屋往北走，来到豆子坑。向左边民房前的汤老九打听到，确有神鼎被运送到山上的魔王砦了。玉儿立马就要上山去抢夺神鼎，靖仇阻止说一路劳顿，先去旅店吃点东西，再去魔王砦。几人于是进店点菜，还没开吃，屋外传来一阵吵闹声。几人出屋一看，原来是官兵在为难行旅商人。
玉儿抱打不平，上前阻止，将官兵暴打一顿赶走。有同为旅店出来的两人对玉儿几人的狭义心肠大为赞赏，一番介绍下，原来这人正是魔王砦的大当家，号称混世魔王的程咬金，另一名则是他的好友秦叔宝。为防官兵返回生出事端，程咬金两人急速离去。靖仇几人意识到官兵有可能找上魔王砦，为防神鼎先落入他们之手，于是也决定立即上山夺取神鼎。
从右边山道来到魔王砦大门口，正要进入，玉儿阻止说：直接闯入容易引来魔王砦之人围剿，还是找一个神不知鬼不觉的进入砦中的办法为好。靖仇看着山门右侧的水池，提议从水下潜入。立马招致玉儿反对，因为玉儿畏水，此时小雪提议找竹管伸出水面透气，玉儿这才勉强答应。正要下山寻找竹管，看到一辆运粮货车从魔王砦山门进入，靖仇又心生一计：认为可以藏在货车中混入山砦。
几人下山返回到豆子坑，见有一群小孩正聚一起玩游戏，他们手中正好有竹管。靖仇提议购买他们的竹管，小孩们不答应。但是提出只要陪他们玩捉迷藏游戏，把他们找出来就把竹管卖给靖仇。靖仇答应后，轻易从四周找出6位小孩，从他们手中得到竹管。左侧屋前可看到给魔王寨运粮的小叶子，只要帮他找回丢失的蟾琢香包，小叶子便答应送靖仇几个进魔王砦。（选择哪个方法自定，此处影响靖仇和小雪以及玉儿的好感度）
几人顺着密道一路来到魔王砦大厅，向程咬金挑明来意，但程咬金不肯归还神农鼎。正争执间，忽有程咬金手下来报，说隋军前来夺鼎。众人入密室一看，果真是宇文太师带两随从来到，还污蔑是靖仇几人领路来此，但言语之间颇有破绽，之后夺鼎离开。神鼎丢失，人也跑了，程咬金大怒，认为靖仇几人是同伙，于是大打出手。靖仇几人合力将程咬金打败，此时秦叔宝过来劝解，认为靖仇他们非是同伙。玉儿也许下诺言：15日之内寻回神鼎，然后再与程咬金以武力决定归属。之后三人下山离开。
出了豆子坑，沿着沙滩一路往右来到东莱城。与城内居民对话中，众人都流露出对当今天下的诸多不满。行至左上角出口处，玉儿不禁抱怨：6天过去了，神鼎一点消息也没有，靖仇小雪两人安慰一番，之后出城来到一片树林处。忽看到有一人坐地上呼喊救命，三人上前查看，小雪出手为其治疗了伤势。询问后得知原来此人是东莱城的农民，名唤齐二郎，远征打仗回来，想要回家与妻儿团聚，却得热病受伤在此，幸得靖仇几人救助。玉儿眼见东莱城离此不远，提议护送他回家。
回到东莱齐二郎家，靖仇趁机向他们打探神鼎一事，齐二郎妻子田氏告诉几人不曾听到有关神鼎的事情，但却有一支隋军部队在泰山顶扎营设立奇异法坛，几人觉得可疑，于是决定上泰山一探。
出东莱城西门来到泰山，打败官兵后上到泰山顶，上面果真有一奇异阵法。几人疑惑间突闻人声，赶紧躲在一边观看动静。不多时上来一少一老两名军官，从他们交谈间得知年轻的叫杨硕，另一名年老的叫韩腾，列阵是为收集血灵珠。只见杨硕启动阵法，东莱城6万生灵性命顷刻化为一颗血珠，交给韩腾带走离开。靖仇三人跳将出来，与杨硕大打出手，战胜后从杨硕口中问出，原来此阵叫万灵血阵，专为收集血灵珠而设，用来完成宇文太师的大业。靖仇几人异常愤怒，可此时杨硕却咬舌自尽，靖仇从其身上搜到一张地图和信笺，从信中得知他们下一个行动地点有可能是大梁，于是几人决定去大梁查探消息。
来到河边码头处，此时居然停靠着一艘与龙舟相似的官船，几人顿起疑虑，于是上船查看。上船后正与守船怪物战斗时，突来一女子相助，将怪物消灭。几人询问下，原来女子正是当今皇帝外孙女独孤宁珂郡主，她自言原本是跟随宇文太师出来捉拿刺客，后来发现宇文太师有不法之心，想要上报皇帝，却被宇文太师监视起来。靖仇也告知郡主他们几人来此是为了寻找神农鼎，郡主一听，便说神农鼎正在此船上，既然是拓跋部落之物，便物归原主。分别时郡主还为结识靖仇几人而感到高兴，把龙船相赠，自己乘坐其他船只离开了。
现在神农鼎已经寻回，首要之务是炼药医治师伯的伤势，然后再回魔王砦与程咬金决斗。靖仇看过师伯母给的药方后，几人决定先回大梁买药。到大梁药店，其他药物都有，唯独缺一味䴔肉，需要自己到西方山洞猎取。
出大梁城，往左走进入山洞，打败䴔精获得䴔肉后返回大梁，乘船前往魔王寨践约。来至魔王寨大门，发现竟然有官兵驻守，询问下才知程咬金已经归降张须陀。进洞后战胜程咬金与秦琼，心安理得带走神农鼎。来到砦门口，靖仇决定前往雷夏泽救治师伯，询问玉儿是否此时将神农鼎带回部落。玉儿则说，为了报答靖仇和小雪龙舟上的救命之恩，决定先陪他们一起去救出师傅。
三人继续结伴同行来到雷夏泽，进屋一看，已是空空如也，师伯几人已不知去向。来到屋外河边询问垂钓老人，老人告知师伯早已病故，师伯母带着孙女搬去大梁了，于是几人又前往大梁寻找师伯母。
大梁左边城门口（药店门口大街上）碰到师伯孙女公孙梦，跟随她来到右城门边上的现今师伯母住处。师伯母告知靖仇师伯已知难以等到他回来，所以留了一封遗书。靖仇展信阅读，内容大意是东海之外有一处仙山，山上住着一名仙人，如能寻求得仙人出手，则师傅有救了。
靖仇有了新的目标--出海寻仙，但是普通船只无法在海上航行，目前自己的船只需要加以改造。师伯母住处隔壁就有一位能够改造适合大海航行船只的工匠赵四，靖仇花费400银两改造了船只，之后出海。
茫茫大海上，本是一片碧水蓝天、惬意无比之时，突然有一只巨大海鱼直撞过来，一声巨响过后，众人已不省人事。靖仇醒转后，才发现此时已处于海鱼肚中，船只已被毁坏。分别唤醒小雪和玉儿，开始寻找出路。
一路顺着迷宫来到氐人族王宫，在门口遭遇侍卫阻拦，双方大打出手。酣战间，女王出来阻止。原来毁坏靖仇船只的海鱼正是属于氐人族，靖仇也告诉女王他们本是去仙山寻访仙人的，然后女王邀请靖仇三人进入王宫。进王宫后，靖仇见氐人族人个个都是年轻貌美，询问后才得知他们族有一神器，能让族人寿命悠长，还能永葆青春。进入王宫和女王交谈，女王告诉靖仇氐人族正面临生死存亡危机：海中黑龙王想要依靠吞吃氐人族族人来延长寿命，目前族人已被吞食三分之一。女王见靖仇三人身手不凡，请求他们前去击败黑龙王，以解族人危机。作为条件，女王可以带他们寻找到仙人。靖仇几经考虑后，答应了女王的请求。于是女王为几人准备了前去龙宫的鲸鱼坐骑，临行前叮嘱几人不要移动龙宫内的神器。
通过复杂的海底迷宫，来到龙王宫内，双方话不投机刀剑相向。龙王虽勇猛却仍不敌靖仇几人，就在玉儿要将之斩于刀下之际，龙王谎称龙宫里的崆峒印加龙王血能让玉儿死去的亲人复活，玉儿信以为真，前去将神印取下。谁知神印一取下，龙宫便一阵震动，跟随而来的两名氐人族少女也变的白发苍苍、龙钟不堪。玉儿此时才知上当，但大错已铸成，唯有先回氐人族王宫请罪。
女王异常愤怒，无论玉儿如何道歉，女王也难消怒气，还出言嘲讽玉儿：真要感觉愧疚就先把自己的容貌毁了再说。玉儿果真往自己脸上划了一刀，造成严重的伤势，几有生命之危。众人惊慌不已，女王也从气头上清醒过来，急忙为玉儿医治。几天过后，玉儿伤势稍微稳定，靖仇决定继续前往寻找仙人，玉儿自觉无颜面对氐人族，于是要求同行。尽管女王再三挽留，请玉儿留下继续养伤，但是玉儿仍坚决离开，于是几人又乘坐女王为大家准备的小鲸鱼去往仙山岛。
离开女王宫，来到仙山岛后，玉儿终于再难压抑心中痛苦，大哭一场，靖仇与小雪安慰其一番后，继续赶路。途中，玉儿伤势逐渐恶化，不但双目失明，待到后来，还全身发烧、意识模糊。着急间，靖仇想起师傅曾给过自己一本药鉴书籍，从里面找到退烧药方。药方需要7种草药，靖仇从女王那里观看过的简略地图中，想起有个叫百草涧的地方，里面草药种类丰富，于是前往采药。
药物采回来后，制成汤药给玉儿服下，结果毫无用处。小雪提议，神农鼎炼制的药物有奇效，不如把草药放入鼎中炼制试试。靖仇大喜，但是药草已用完，只好再去采一次。第二次采药回来，放入鼎中制好后给玉儿服下，结果仍然毫无用处。茫然间，小雪想起月河村医生曾说过：古时有个人把自己身上的肉割下放入汤药中熬制治好了母亲的病，于是小雪也割了手臂上一块肉，和草药放入神农鼎中再做了一份药汤，玉儿喝下后病情果真好转，于是继续赶路。
通过百草涧，来到对弈亭，见里面有一老年一青年在下棋，靖仇上前询问他们是否就是仙山上的仙人。结果其中一人示意不要讲话，有事下完棋再说，靖仇只好到一旁等待。这一等就是两天两夜，两人总算结束对弈。老年人起来对靖仇说：他们站了这么久也累了，可以到前方的天外村有一然翁居休息。
靖仇几人来到然翁居，结果进屋一看，下棋的两人已经在里面了。靖仇奇怪他们为何先到，仙人说是通过御剑之术回来的，并自我介绍自己叫然翁，另一名年轻的则正是他们要寻找的仙人古月。靖仇恳求古月仙人去救师傅以及医治玉儿，但是仙人不答应，说是不该插手凡间之事，随即离开。但错身之际却告知玉儿伤势恶化有性命之忧，想要遏止伤势唯有取得附近山上的百年地稔草。
然翁见玉儿伤势严重，挽留几人在家中过夜，到第二天再去取百年地稔草。三人住下后，夜深时，小雪着急来到靖仇房间，说是玉儿伤情恶化，已严重高烧不退。靖仇来到玉儿房间，参照上一次退烧的方法，割自己手臂肉入药喂给玉儿，但此次却毫无作用（小雪是女娲石化身，靖仇凡人血肉，所以无用）。情急间，靖仇不顾女童阻止，深夜去山上采药。另一边，小雪则来到对弈亭，再次恳求古月仙人救治玉儿。一会过后，然翁也带着昏迷的靖仇来到对弈亭。原来靖仇采药不慎十足跌落山崖，幸得然翁所救。最终古月仙人被小雪诚意打动，答应救治玉儿，众人回到然翁居。
第二日靖仇醒来，看到小雪在房中，不禁奇怪，自己不是前往山上采药吗？怎么会在房中。小雪告诉了靖仇事情的经过，玉儿伤情已经遏止住了，现在到院中去找仙人，他有话要与两人说。
院中见到古月仙人与然翁，古月说玉儿伤情虽已遏止，但要恢复视力和容貌，还需两样东西。一是西母峰的血月叛逃，二是神农鼎。神农鼎正在身上，所以只需取得蟠桃即可。但要成功取得蟠桃，两人需要经过一番考验。古月交代蟠桃需由小雪摘下，并赠送一颗火云珠给两人，此珠能破开西母峰入口迷障，然翁也分别给两人了下了一道护身印记。
从天外村西侧进入西母峰，历经跋涉，总算来到峰顶取得蟠桃。此时刑天却突然出现，言说自己乃蟠桃守护者，谁让他们不经同样便摘取蟠桃。双方开打，靖仇两人不敌（剧情需要，此战必败）。然后谁摘的蟠桃便要砍谁的双手，靖仇和小雪两人都极力要求砍自己的手。刑天无法确定蟠桃是谁摘的，便决定一人砍一只。要动手之际，然翁突然出现，刑天也消失。原来刑天只是靖仇两人身上护身印记所造成的幻境，目的是为应蟠桃种植者的要求，对摘桃之人的考验，靖仇两人胜利通过。
血露蟠桃到手，回到然翁居，古月仙人施术胜利治愈玉儿。休息几天后，身体完全康复，然翁又告诉靖仇好消息：古月仙人愿意去消灭饕餮救靖仇的师傅，于是去对弈亭找古月。古月告诉靖仇三人，要降服饕餮救出陈靖仇师傅，还需要一样神器，那就是处于海中建木上盘古大神手中的盘古巨斧，需要靖仇前往借来一用。
使用古月给予的七角海笛召唤来鲸鱼，乘坐鲸鱼来到建木，一直登上峰顶见到盘古大神。此时的盘古大神正在睡觉，将之唤醒后请求借神斧，盘古刚睡醒要求活动活动筋骨。于是陪其打一架，胜利后成功借到神斧。
返回对弈亭，然翁提议天色已晚，先返回然翁居，第二日再去饕餮洞。隔日然翁御剑带领众人来到伏魔洞，古月救出师傅，并使用盘古斧劈开结界将饕餮送走。然后为师傅医治疗伤，师傅醒转后吩咐靖仇去洞中去昆仑镜，拿回神镜后众人返回然翁居。
回到然翁居，靖仇对古月表达感激之情。古月则问小雪是否愿意激发自己的潜力，如若造福苍生则可做出很大贡献。小雪不知如何选择，靖仇则说反正不是什么坏事，于是同意了古月为小雪激发出潜力。师傅因冰封过久，需修养一段时间。此时然翁在对弈亭，玉儿表示也该过去对其表达感谢。
对弈亭见到然翁，然翁问起玉儿毁容原因，靖仇将经过告诉了他。然翁告诉几人，他正是700年前为氐人族设立不老结界的那位剑仙，只要有崆峒印，愿意再为他们设立一次结界。几人大喜过望，先前往氐人族王宫，告知他们喜讯并让他们准备好崆峒印。来到海底王宫，当把消息告诉女王时，她却说太迟了，崆峒印已被宇文太师夺走，无法在设立结界，靖仇几人只好返回仙山看仙人有无对策。
回到然翁居，把事情跟然翁禀明之后。然翁好奇宇文太师夺取崆峒印的目的是什么，小雪提醒大家，可能是为了集齐5神器称皇帝。靖仇恍然大悟，告诉然翁，师傅跟自己说过，集齐琴、鼎、印、镜、石可列“九五之阵”，夺取天下当皇帝，而这也是他师傅的目的与对靖仇的要求。然翁则说他很清楚十神器的事情，没听说过有所谓的“九五之阵”，5神器所列之阵叫“失却之阵”，是一种会让人永远失去记忆之阵。
几人也迷惑了，难道师傅得来的传说是假的？此时玉儿表示，既然宇文太师要夺取5神器，现在靖仇几人身上有神农鼎和昆仑镜，不如放仙人这，那样宇文太师估计就没胆量来抢了。靖仇欣然同意，当即就要将神器交给然翁。虽知此话被屋内的师傅听到，出来即喝止，斥责靖仇忘记肩上重任，还辱骂玉儿是外族蛮夷之人，要靖仇与其断绝关系。玉儿据理反驳，师傅更为生气，愤怒离开。
师傅身体未痊愈，大家恐其受风寒，赶紧出去寻找。在莫支滩向人打听到师傅往大蘑菇那边去了（对弈亭），立即前往，见着师傅后劝解他回然翁居。师傅坚决不准靖仇把神器交给别人，神农鼎也不准归还玉儿。小玉答应神农鼎由靖仇保管，师傅才稍微消气。现在已经有其他人在收集神器了，师傅要求靖仇马上向仙人告辞，赶在别人之前收集齐神器。
回然翁居向然翁与古月辞行，然翁告诉靖仇仙山有传送阵可与外界往返。众人通过传送阵来到江南大地图，往南走进入江都城。江都城客栈门口与朱四对话，之后师傅表示赶路有点累了，众人便进入客栈歇息。上楼后小雪回想起在泰山时，东莱发出一片血光，之后全城百姓都死亡。刚才门口朱四也说会稽曾发出一片血光，会不会同样是宇文太师所为，靖仇决定前往查看。谁知师傅一听，立马反对，呵斥靖仇应该专心寻找神器别管什么血光之事，又无故怪到玉儿头上。之后师傅独自生气不想理会几人，靖仇提议先去店外逛逛。
出客栈，在石桥上遇到修行400年的白鹿精（陆仲恺）。白鹿精为靖仇占卜神器下落，提示伏羲琴在敦煌，女娲石则不知所在，崆峒印在长沙并可得贵人相助轻易获得。但此去长沙路途遥远艰险，有一条多年前遗留的密道可快速到达，不过需先找人处理密道入口的藤蔓，此事可找杏山的乔岱娘帮忙。靖仇最终决定先去长沙看可遇什么贵人，于是返回客栈告知师傅。结果师傅还在生气，并不想理会靖仇他们，靖仇三人只好自行先去长沙。首先出城门，在江南大地图找到杏山，请求里面的乔岱娘帮忙后出来即可通过大禹水道到达长沙。
进入长沙后，先完成乔岱娘的请求购买植物种子。种子买完出门后小雪就表示似乎看到了豆子坑外码头的宁珂郡主，于是前往市集寻找。刚到路口就碰到独孤郡主主仆三人，上前招呼过后，郡主表示此地不宜长谈，请前往客栈一叙，她有要事告知。
来到客栈与郡主会面后，郡主告诉三人，宇文大师也已来到长沙，营地就在城外。他本人则前往其他敌方收集神器去了，不过他把到手的崆峒印留在了营内由部下保管，郡主表示可趁此时机里应外合把崆峒印夺过来。
三人按既定计划来到隋军驻地，一路杀往主营。另一边，独孤郡主则欺骗营地守将上官振远和斛律安喝下毒水。来到主营门口，碰到营地主将斛律安，三人不敌战败，正当斛律安要擒拿三人之时，突然肚子疼，这才意识到独孤郡主给他们喝的水有毒，于是慌忙逃走。
靖仇三人进入营内，碰到里面另一名守将上官振远，将其打败后，上官振远带着崆峒印进入密道逃走。三人也顺势追了下来，但密道内机关重重，三人不得不小心。另一边，上官振远已快逃出密道，确遇在此避难的独孤郡主，上官振远着其跟随自己一起逃走，谁知独孤郡主暴起发难，将上官振远杀死。不一会，靖仇几人追至此处，看到郡主，地上还有上官振远的尸体。郡主慌称自己准备在此接应靖仇，却遇逃至此处的上官振远毒发身亡，手里还拿着崆峒印。
崆峒印到手后，郡主与靖仇商议下一步的打算，决定先到大兴郡主府，之后再一起计划寻找剩下的神器。隋军密道继续前行，出口即是杏山南边，先去把种子交给乔岱娘，然后返回江都接上师傅。
再次通过大禹水道来到长沙城外，使用郡主给予的通关令牌经过武关，然后进入大兴城到郡主府与郡主汇合。旅途跋涉，师傅已深感疲惫，郡主于是邀请大家在府中居住。安顿好之后，靖仇先出门去市集逛逛，进到太师府院中，里面有一个人（刘元）在向太师府申诉。斥其毁灭涪陵郡，夺走了他家人的性命。靖仇上前询问原由，刘元交给靖仇一张地图和一封信函，从中猜测，宇文太师下一步有可能毁灭长沙，几人决定赶紧赶回长沙军营阻止。
先回郡主府通报消息，可惜郡主外出不在，只好请求附中仆人转达后几人赶回长沙。来到隋军大营，可惜仍然迟了一步，长沙还是被毁，并还遇上一直以来传闻中的宇文太师。靖仇师傅认出他正是多年前一剑毁灭几万士兵杨拓，提醒靖仇快跑。但被宇文太师拦住，要求他们交出神农鼎与崆峒印，双方互不妥协，于是开打。宇文太师实力超群，仅用一只手就打败了靖仇他们（剧情需要，必败）。然后擒住师傅，逼迫靖仇交出神器。靖仇谎称神器不在身上，三日后再来交换师傅。
离开隋营后，几人商议办法，小雪表示回仙山找仙人帮忙，于是几人又从传送阵回到然翁居。碰巧仙人都不在，至少要好些天才能返回。住了一日后几人来到对弈亭商议对策，最后还是决定拿神器去换回师傅。隔日，请小如转达宇文拓之事后，回到隋军大营换回了师傅。将师傅安置到江都客栈请医生救治，自己因为一下失去了两样神器，决定返回大兴向郡主道歉。向郡主说明原因后，郡主却是很通情达理，并未责怪靖仇，反而还向靖仇提供消息说女娲石在巴蜀古王墓，几人即决定前往取回神器。
从郡主手中获得出关令牌，通过长寿关，进入古王墓。一路来到古王墓深处，竟然在里面遇到长沙隋军大营半路逃走的斛律安，将他打败后进洞拿女娲石。此时小雪突感头痛不已，口渴难受。三人决定让小雪在原地休息，玉儿离开为小雪找水，靖仇则一人上祭坛拿女娲石。女娲石刚拿到手便听祭坛下方一声惊叫，靖仇连忙下去查看。原来是重伤之后的斛律安偷偷潜入此处，小雪已被其挟持在手，看到靖仇，要求交出女娲石，否则将对小雪不利。靖仇无奈，只好将女娲石交出，就在斛律安要拿去之时，玉儿从身后飞出，给了斛律安致命一击。小雪惊吓过度，靖仇和玉儿正安慰，倒在地上的斛律安竟死而复生，用尽最后气力将女娲石送去宇文太师手上。
又是白忙一场，三人回到郡主府。竟然在府中见到在江都养病的师傅，经郡主解释，原来是师傅自行雇轿夫返回来的。师傅一见靖仇便大发雷霆，责怪他将神器交给宇文大师，无论怎么解释都没用。郡主见陈辅正在气头上，便请众人到她房内商议女娲石之事。向郡主解释女娲石失手一事过后，小雪又感身体不适，众人表示先让小雪到房间休息。只好靖仇向郡主打听哪里有比较好的医生，想请来给小雪看病，郡主推荐了利人市药店的陈医生。
到利人市请陈医生后返回郡主府，到房中看望小雪。小雪正坐床上哭泣，原来是被噩梦惊醒。此时陈医生到来，诊断后，陈医生认为小雪是忧虑过度，待他开一济药方以及多注意休息便可恢复。离开小雪房间，再与郡主商谈神器一事。郡主告诉靖仇一则好消息：宇文太师已前往敦煌密窟收伏伏羲琴，却把所得的其他神器存放于皇家宝库，要靖仇趁此机会一举前去夺回。
在郡主带领下，来到皇家宝库密道入口。郡主由于身份特殊，不便进入，便留于门口等待。靖仇和玉儿两人深入密道，在宝库密室得到神农鼎、崆峒印、女王石还有一枚虎符令牌，然后返回密道入口与郡主汇合，随即返回郡主府。
陈辅看到一下夺回三件神器，异常高兴。靖仇和玉儿来到小雪房间，把消息告诉小雪，谁知小雪却劝解靖仇将神器还给宇文大师，说宇文大师做的事情其实才是对的。靖仇几人觉得小雪是因为生病原因在说胡话，由是暂时离开。
翌日，玉儿来告诉靖仇小雪不见了，几件神器也不翼而飞。大家来到小雪房间，人已不见，桌上留有一簇头发和大家寻回的女娲石，几人都不知何意。郡主怀疑神器是被小雪拿走了，玉儿觉得这其间有什么误会，应该先去寻回小雪。郡主提示先到大兴和玄武城门问问。两处问过之后，城卫兵均说没看到小雪出城。于是返回郡主府商议，众人认为小雪应还在城中。此时府中仆人来报告，宇文太师胜利从敦煌密窟收伏伏羲琴返回，并有人在太师府门口看到一白发女子进入，玉儿表示去太师府查看一番。来到太师府门口被卫兵阻挡，此时韩腾部下前来报告说前往灵武部队已准备好。玉儿听后指出灵武正是六芒星阵中的最后一个地点，应是宇文太师又要去执行血灵阵一事，看来非得赶去阻止。
之后两人返回郡主府向郡主说明此事，府中丫环却说郡主心情不好出外散心了，于是拜托丫环向郡主转达，两人便赶往灵武。出城通过长寿关继续往西北走来到葭萌关，出示皇家宝库所得的虎符令牌后，胜利出关。通过沙漠从灵武城外经过继续往西北走，进入灵武隋军营地，里面韩腾正在进行血灵大阵。上前阻止，击败韩腾后小雪突然出现，并手拿轩辕剑击退了玉儿和靖仇，协助韩腾完成了血灵阵。靖仇眼见无法抵抗小雪手中的神器轩辕剑，把身上同为神器的昆仑镜拿出来与其抗衡，却被轩辕剑一击轻易打碎。
两人返回郡主府，郡主很是高兴，表示要赶在宇文太师在洛阳通天塔设立“九五之阵”之前阻止他，她知晓一条通往宇文太师府后院的一条密道，或许可从那进入宇文太师家夺取神器。靖仇此时却表现的异常消极，表示不想再管这些事情了，无论郡主如何请求，靖仇也是无动于衷。
夜晚，玉儿独自一人在屋外弹琴。郡主出来为她分析小雪离开的原因，说是因为他们三方的感情问题，小雪怕妨碍玉儿与靖仇，所以独自离开了。玉儿听后，决定成全小雪与靖仇，要去找小雪说明白。想起白天郡主说过有密道可通往宇文太师府，所以请求郡主带其前往。
郡主带领玉儿来到太师府后院密道入口，由玉儿一人前去找小雪。通过密道后，在房中见到小雪，两人一番交谈， 才知小雪离开并不是因为感情原因，而是因为知道了宇文大师收集神器的真正目的。原来他是为了弥补赤贯星造成的结界裂痕，防止西方魔界的入侵。而此前靖仇几人以及宇文太师寻找到的女娲石其实都是假的，真正的女娲石就是小雪自己，而宇文太师则是昆仑镜的化身，同为神器，能够相互感应。这也是为什么小雪自从觉醒潜能后，经常头痛的原因，以及灵武隋营中靖仇手上的昆仑镜被轩辕剑一击而碎，因为他手中的昆仑镜本就是家的。玉儿听完后，选择相信小雪，小雪此时则为了协助宇文太师弥补天空裂痕，还不能随玉儿回去。为了更好地向靖仇解释，让小雪留一封书信由自己带给靖仇，而后离开返回入口与郡主会合。
见到郡主后，郡主询问事情结果，玉儿则把从小雪口中得知的消息告诉了郡主，随后就要返回郡主府。谁知郡主突然翻脸，从后面偷袭玉儿，将她杀死并毁了身上书信，随即离开。另一边，则让自己的随从之一假扮自己并带领靖仇赶来此处。靖仇赶到后，见玉儿倒在地上，惊怒交加，上前抱起玉儿。随后小雪也出来，见玉儿情况，同样惊诧不已，发现玉儿还有气息，上前就要为其治疗。此时假郡主却开口，污蔑玉儿是小雪所杀，小雪一时无从辩驳。靖仇也不知该相信谁，阻止小雪上前医治玉儿。小雪无奈，提醒靖仇赶快带玉儿去仙山岛请然翁和古月仙人救治，并感应到宇文太师正赶过来，催促靖仇赶紧离开。
最终靖仇将玉儿带到仙山岛，可是然翁和古月都不在，仆童帮忙出去寻找。等然翁和古月回来，玉儿已没了气息。起死回生已不可能，但古月还是为玉儿制作了一具水晶棺，可以保持玉儿的容颜不变。
玉儿死后，靖仇大受打击，终日消沉。过了几日，靖仇决定带玉儿的尸体返回拓跋部落，于是前去对弈亭向仙人辞行。古月劝解靖仇不要沉溺于仇恨中，如今的宇文太师，自己也非其对手。靖仇也表示，自己已无报仇之心，但对于玉儿的死还是不能释怀，询问是否有起死回生之法。古月告诉靖仇仙界有一起死回生阵法，但需集齐十神器，实是希望渺茫。
靖仇回到郡主府，带着师傅向郡主请辞离开。一日，靖仇师徒宿营于一处河边断崖，打炮一群拦路抢劫的强盗，救下一对行商夫妇后。巧遇从此路过前往太原的李世民。两人一番交谈，李世民三言两语就想出抗衡宇文太师的办法，激起靖仇的斗志。李世民也对靖仇生起惜才之意，邀请靖仇在太原自己府中做客，并相约城门口见面，靖仇慨然应允。
转道来到太原城，在城门口见到李世民，随其到府中。竟在里面见着分别已久的玉儿姐夫张烈，靖仇将玉儿身亡一事及经过告知，张烈并未责怪靖仇，而是对宇文太师生出同仇敌忾之心，决定一起去洛阳通天塔阻止他。前往洛阳需要经过云岗石窟，但石窟门口有阵法所阻，需“汰玉如来”才能破除，幸好张烈早有准备。张烈本就是有心问鼎中原之人，并一直为此做着准备，不但积累了大量财宝物资，而且还寻访到了宇文太师曾经的义父，拜其为师学习了鬼谷道术。分别时师傅告知张烈云岗石窟有众多增强道术的宝物，是以张烈本就想前往寻宝，因此已备好“汰玉如来”。
通过云岗石窟，出口前方即是通天塔，靠近后，见众多讨伐宇文太师的义士集结于此，却被塔下“地龙阴火”所阻，入不得内。不过对于破除“地龙阴火”张烈早有准备，在太原之时便已遣义弟李靖去找“泛云龙玉”，现在只需到洛阳与其会合即可。
进入洛阳城，竟在客栈门口发现独孤郡主的随从之一单小小，打过招呼后才知道，她们主仆三人也是为了阻止宇文太师而来到洛阳，现今正在客栈楼上。上楼与郡主相见，郡主见靖仇从拾斗志，再次前来阻止宇文太师，很是高兴，随后分别去寻找李靖。
城门口见到李靖夫妇，得到能破除“地龙阴火”的奇物“泛云龙玉”。接着张烈邀请众人到他所在洛阳的府邸相聚，将十数年积累的金银物资悉数赠予李靖夫妇，用以辅佐李世民建立一番事业。张烈自从在太原与李世民相见之后，自认为李世民更具有天子之相，所以自愿退出争霸天下之列。
之后张烈与靖仇师徒进入通天塔，破除塔下阻挡大家进入的“地龙阴火”，一路杀到塔中大厅后，遭遇隋军大将韩腾阻挡，众人将其打败，但韩腾在临死之时的奋力一击伤到了靖仇师傅，为了不拖累大家，师傅决选择留在大厅休息，众人继续前行。在塔顶见到宇文拓（宇文太师）。双方开打，结果仍然不是手持轩辕剑的宇文拓的对手。宇文拓对于靖仇五次三番阻止他的计划，也异常恼怒，决心不再容忍，就要下杀死之际，独孤郡主适时出现，挟持小雪逼迫宇文拓交出神器。宇文拓不肯就范，靖仇趁其不备飞身上前砍断其手臂，独孤郡主也趁机出手，将宇文拓打伤。随之，郡主突然变的张狂起来，嘲笑宇文拓费尽千辛万苦，结果她才是最终的胜利者。同时也嘲笑靖仇，感谢他一直以来帮她阻止宇文拓。而后，天空异象突起，一颗红色的妖星划过空中，众多魔怪进入到中原大地。此时，脱身的小雪突然捡起地上的轩辕剑，带着靖仇和张烈脱离了此地。
靖仇醒过来之后，已是在一个山洞中。身边只有张烈和小雪在，师傅此时也生死不明。满头雾水的靖仇向两人询问缘由，才知道原来自己才是那个错误的人。一直以为宇文拓收集神器是为了做皇帝，原来别人是已预见西方魔族要趁赤贯星划开的结界裂缝入侵，因而收集神器弥补裂缝。而独孤郡主本就是西方魔界派来潜伏在中原的女魔将，等待时机破坏中原结界的人。如今中原世界已是一片人间末日景象，魔人以人族为食，已面临灭亡境地。靖仇希望能够弥补自己的过错，却不知有何办法，小雪提议去仙山岛找仙人帮忙。
来到仙山岛然翁居，然翁表示自己也无能为力，提示靖仇去找身在莫支滩的古月。见到古月后，古月已知晓几人的来意，表示有办法应对目前的情况。即回到魔族入侵前的时间节点，延续宇文拓的计划，将裂缝弥补。要实行这个办法，一是要将宇文拓救出，因为宇文拓是昆仑镜的化身，具有穿越时间的能力，二是要夺回被独孤郡主拿走的神器，用以布置弥补裂缝的阵法。
分别从仙山传送阵进入殇魂塔以及蛰魂塔，从独孤郡主的随从单小小和尉迟焉红手中夺回崆峒印以及神农鼎。再次传送到原先的通天塔，想要救出里面的宇文拓时，却在塔下看到程咬金和李世民等人，交谈过后，原来他们组织了一批反抗志士，同样前来通天塔剿魔，却被塔下的魔界妖火所阻。靖仇上前以泛云龙玉欲除妖火，但却无效，于是便回然翁居请教仙人。
古月指出通天塔下的妖火是由西方魔法所造出的魔界妖火，决定亲自随众人一同前往。来到塔下即见程咬金、秦叔宝、李世民早已在此等候。古月施法将妖火去除，并提议兵分三路：李世民等人前去寻找伏羲琴，靖仇进入塔内救宇文拓，他自己则去塔顶布阵。一路杀到大厅，在此看到被血茧所困的宇文拓。小雪上前为其破除血茧，随后独孤宁珂出现，众人将其打败，带着宇文拓来到塔顶。塔顶上其余人都已到齐，他们到来后，已经是万事俱备。
众人听从古月仙人的吩咐，开始运行“失却之阵”，让时间回到魔界入侵之前，李世民、程咬金、秦叔宝几人也回到了他们原本所在的位置。等宇文拓几人恢复体力后，古月仙人再次布置“虚空之阵”，准备通过阵法的力量上到赤贯星来弥补空间裂痕。虽知此时靖仇师傅竟也来到塔顶（时间的回转，所有的事情都返回到魔界入侵前，包括被魔界杀死的人），看到靖仇与宇文拓一起在阵中，不明真相的他大为震怒，斥责靖仇竟选择和仇人一起，上前就要将靖仇拉出来，但阵法马上就要发动，为避免伤到师傅，靖仇将师傅推了出去。
之后阵法启动，众人来到虚空之门，经过次元交错空间时，发现伏羲神殿中天女白玉轮之阵。靖仇忆起这正是古月仙人曾经说过可以复活死人的阵法，于是请求古月在此复活玉儿。古月告诉靖仇，复活玉儿需耗费大量神器的力量，将影响后面裂缝的弥补，但如何选择还是由靖仇自己做决定。
靖仇难以抉择，听取了同伴们的意见（其实是由亲密度决定），最终决定不复活玉儿。众人继续前行，途经赤贯星支柱，最终到达赤贯星最核心深处，准备在此设立由女娲石为核心的“失却之阵”来弥补结界。
另一边，靖仇师傅陈辅认为大家都背叛了他，正失神落魄。独孤郡主来到面前，怂恿陈辅一起上赤贯星阻止宇文拓，但陈辅此时武功全失，自觉无能为力。郡主却拿出一颗“撒旦之果”交给陈辅，告诉他只要吃下，不但武功尽复，还可千百倍超越从前。
赤贯星内，众人已经做好最后准备，布阵之际，独孤郡主突然出现，将宇文拓击伤。靖仇三人上前合力将其击败，带古月治好宇文拓，开始运行“失却之阵”。赤贯星支柱处传来巨响，靖仇、小雪、张烈前往查看。原来是师傅在攻击支柱，师傅已吃下“撒旦之果”，不但武功远胜从前，人也变的疯狂，只好武力将其打败。
天上一日，地上一年。这一天，靖仇和小雪正在坟前祭拜师傅，并演奏了一首曾经最好的朋友教的曲子“如忆玉儿曲”。此时一家三口牧羊人从前面经过，当中的小女孩过来直夸曲子好听，还送了一朵花给小雪。然后她父亲过来叫她“玉儿”快走，全剧终。
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