建安七年(202年),乘曹操进兵河北,关中空虚之际,袁尚派郭援与高干协同南匈奴单于大军略取河东,此时关中由司隶校尉钟繇镇守,势单力薄,于是钟繇写信给马腾、韩遂,述说其中的厉害关系,又派张既、傅干等人去劝说。马腾于是派马超率领万余人入关中助战,朝廷任命马超为督军从事,讨伐郭援、高干。作战过程中,马超的脚部中箭受伤,但马超没有退缩,用布裹住受伤的脚,继续领军作战,大破袁军,马超部将庞德亲手将郭援斩杀。这次的英勇作战,使得马超被后世称为“虎臣罴士” 曹操担任丞相时,曾想召封马超为徐州刺史,但马超拒绝不去赴任。于是曹操改封马超为谏议大夫。
建安八年-建安九年间(206年-207年),马超随父亲马腾屯聚三辅,防备北边的胡族贼寇,东边的逆乱张白骑,善待士人推举贤才,怜悯救援百姓们的身家性命,三辅的人民都非常爱戴马腾军。
建安十年(205年),高干又召集旧部再次造反于并州,曹操派张既征集马腾、韩遂、马超等西方诸将,大破高干、张晟军,斩杀了反叛的卫固等人。
建安十三年(208年),马腾一来与韩遂不和,二来觉得自己年老,在张既的劝说下入朝为官,被朝廷任命为九卿之一的卫尉。马超的两个弟弟马休,马铁也被封奉车都尉、骑都尉,唯独马超留守凉州,被封为偏将军、都亭侯,统领马腾的部队,割据原来马家势力所在的“三辅”,屯兵于“槐里”。
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