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自八神太一等人打败启示录兽拯救数码世界后，孩子们度过了平静的两年。一天泉光子郎收到了署名玄内的电子邮件：守护数码世界秩序与和平的阿尔法兽不知为何忽然发狂，作为拥有“开端获取之力”的强大能力的超级圣骑士，数码世界陷入了前所未有的大危机，请被选召的孩子们回去阻止它。

孩子们临危受命，带上暴龙机通过邮件中的链接穿过时空大门到达数码世界，然而即使有奥米加兽的参战，最终重创了阿尔法兽，与此同时为数码世界争取到了珍贵的喘息的时间。

在此期间，玄内老人在深海发掘了一块记载着古老预言的石板，在玄内老人和光子郎的合力破解下，孩子们知道了神秘仪式与第九个被选召的孩子的存在，而这时，数码世界的大门在现实世界中打开，第九个孩子终于应宿命来到了数码世界。

奥米加兽和阿尔法兽大战的能量爆炸损坏了许多数据，加上黑暗能量的侵蚀，数码世界的部分地貌因此改变，阿尔法兽也坠落在极北雪原沉睡；因黑暗力量的肆虐，许多曾被消灭的邪恶数码兽复活后卷土重来，在大战后的焦土上不断袭击正义的数码兽们，为了确保黑暗一直笼罩数码世界，他们挡在了孩子们前进的道路上。

其中，恶魔兽控制了档案岛；而在沙拔大陆上，以吸血魔兽为首的不死型数码兽控制了大陆的东北部；以小丑皇为首的魔人型数码兽则将昔日的同伙收归盔下，重新**西边的黑暗龙卷山一带；更有七大魔王之一的莉莉丝兽暗中在古老的沼泽神殿中布局，意图以孩子们的生命为代价举行神秘仪式，打开时空通道，入侵现实世界。

为了数码世界的存续与未来，孩子们要前往极北雪原消灭阿尔法兽，阻止神秘仪式；而邪恶数码宝贝渴望扩大黑暗势力，占领现实世界，报复创造了它们又抛弃它们甚至要消灭它们的人类。于是抱着不同的目的，双方从档案岛一路不断战斗，孩子们和数码兽不断成长变强，一路无惧艰险，力克强敌，最终在极北雪原与阿尔法兽展开了最后的决战！